Sobór Trydencki, na pamiętnej sesji z dnia 15 lipca 1563 roku wydał dekret o dziejowym znaczeniu powołujący do istnienia seminaria duchowne. Dekret realizuje w diecezji poznańskiej biskup Adam Konarski. Zwołuje on 26 października 1564 roku synod diecezjalny w Poznaniu i po myśli Trydentu zadeklarował założenie seminarium, w ścisłym związku z Akademią Lubrańskiego.

Akademię założył i wyposażył w dobra materialne znany z nauki, pobożności i wymowy biskup Jan Lubrański (+1520). Ta wyższa szkoła diecezjalna w Poznaniu, która przyjęła od swego założyciela nazwę AKADEMIA LUBRAŃSKIEGO oddaje przez długi okres czasu wielkie usługi oświacie krajowej. Poziom wykładanych nauk w Akademii Lubrańskiego (gramatyki, matematyki, retoryki, filozofii, prawa i teologii) jest wysoki a imię uczelni rozsławiają między innymi dwaj wychowankowie: znakomity poeta Klemens Janicki (+1543) i najsławniejszy lekarz Polski z okresu odrodzenia Józef Struś (+1568).

Po myśli biskupa Adama Konarskiego Akademia Lubrańskiego kształci także kandydatów do kapłaństwa. Samo seminarium natomiast istnieje tylko jako alumnat przy Akademii. Z czasem niestety, Akademia Lubrańskiego traci swą dawną świetność i niemal całkowicie podupada, dlatego biskup Adam Konarski, będąc pod urokiem świętości i wiedzy swego przyjaciela Kardynała Stanisława Hozjusza sprowadza do Poznania jezuitów i osadza ich przy Kościele św. Stanisława Biskupa i Męczennika. Z myślą podniesienia poziomu nauki zakłada KOLEGIUM JEZUICKIE i zamierza powierzyć mu między innymi także formację intelektualną niewielkiej wówczas liczby alumnów.

Do planów biskupa Konarskiego nawiązuje biskup Łukasz Kościelecki. Pragnie on mieć w swojej diecezji seminarium duchowne z własnym studium. W tym celu przeznacza nowe dotacje na Kolegium Jezuickie. To przyczyni się do zorganizowania kolegium studium filozofii (1585) i teologii (1593). Kierownictwo nad seminarium duchownym obejmują jezuici w 1579 roku. alumni mieszkają w odrębnym, kierowanym również przez jezuitów domu przy ulicy Butelskiej, stąd docierają na wykłady do Kolegium. Studium w Kolegium Jezuickim obejmuje nauki humanistyczne, rok filozofii i dwa lata teologii. Dopóki nie było w kolegium filozofii i teologii, alumni po ukończeniu nauk humanistycznych udawali się na dalsze studia do Kalisza, Wilna lub Krakowa.

Jezuici kierują Seminarium Duchownym w Poznaniu do 1613 roku, to znaczy do czasu, kiedy biskup Jan Rozdrożewski przeznacza ze swego majątku poważne dotacje na restytuowanie Akademii Lubrańskiego. Biskup Andrzej Opaliński (+1623) przenosi do niej w 1614 roku Seminarium, alumni zaś od tego czasu mieszkają w dawnej szkole katedralnej na Ostrowiu Tumskim. Państwowa Komisja Edukacji Narodowej w 1780 roku przeprowadziła kasację dóbr, bibliotek i archiwum Akademii Lubrańskiego. W nowych warunkach biskup Antoni Onufry Okęcki (+1793), zwolennik reform na sejmie czteroletnim, gorliwie zajmujący się sprawami Kościoła, organizuje w gmachu zniesionej Akademii Lubrańskiego Seminarium Duchowne z własnym studium i nadaje mu statut (1784). Kierownictwo seminarium powierza Księżom Misjonarzom, którzy dzięki poparciu papieża Innocentego XI prowadzili już w Polsce klika innych seminariów.

W 1834 roku pod wpływem wzrastającej fali germanizacji, rząd pruski pod pretekstem, że księża Misjonarze są zgromadzeniem zagranicznym, ponieważ mają główny dom w Warszawie, pozbawia ich prawa dalszego prowadzenia Seminarium w Poznaniu. Za tę decyzję kryją się jednak inne zamiary. Rząd pruski bowiem dąży do przeniesienia kleryków do alumnatu we Wrocławiu, gdzie mieliby studiować na Wydziale Teologii przy tamtejszym uniwersytecie. Te plany rządu pruskiego pośrednio zmierzają do zniesienia na stałe seminarium, będącego na ziemi wielkopolskie ostoją i kuźnią polskości. Szczęśliwie się złożyło, że w trudnym dla Kościoła okresie, pod zaborem pruskim, rządy nad diecezją obejmuje niezłomny pasterz, odnowiciel oświaty wśród ludu i niestrudzony obrońca Seminarium Duchownego – arcybiskup Marcin Dunin (+1842). Rząd pruski wobec zdecydowanej postawy arcybiskupa M. Dunina wycofuje się z planu likwidacji Seminarium i już w 1835 roku wyraża zgodę na ponowne jego otwarcie.

Godnym następcą swego poprzednika okazuje się arcybiskup Leon Przyłuski (+1865), reprezentant biskupów polskich na ogłoszeniu dogmatu o Niepokalanym Poczęciu Najświętszej Maryi Panny. Jako wychowanek Poznańskiego Seminarium otacza swą Alma Mater szczególną troską i zabiega o powiększenie liczby alumnów. Na katedry powołuje światowych profesorów. Właśnie dzięki ich doskonałemu dorobkowi Seminarium osiąga wysoki poziom naukowy. Arcybiskup L. Przyłuski podobnie jak jego poprzednik zabiega u Stolicy Świętej o przywilej podniesienia Seminarium Poznańskiego do rangi akademii Papieskiej z prawem nadawania stopni naukowych. Śmiałemu planowi arcybiskupa sprzeciwia się kategorycznie rząd pruski, który widzi w tym dążności narodowościowe i boi się ewentualnego przekształcenia Seminarium w wyższą uczelnię polską.

To nieprzejednane stanowisko rządu pruskiego jeszcze wyraźniej ujawnia się w okresie Kulturkampfu („walki kulturalnej), który rozpoczyna się za rektoratu księdza Edwarda Likowskiego, teologa Prymasa Mieczysława Ledóchowskiego na Soborze Watykańskim I i rzeczywistego członka Krakowskiej Akademii Umiejętności. Jednym z przejawów „wali kulturalnej” jest wydanie ustawy o kształceniu duchownych, na podstawie której rząd pruski domaga się od Kardynała M. Ledóchowskiego sprawozdania z działalności, organizacji i stanu seminarium duchownego. Kardynał protestując powołuje się na Bullę „De Salute Animarum” przyjętą i ogłoszoną w zbiorze ustaw pruskich. Gwarantowała ona Seminarium Duchownemu swobodną działalność i uznawała jego organizację. Arcybiskup M. Ledóchowski nie spełnia więc żądań rządu pruskiego. Smutnym finałem tego konfliktu jest zamknięcie seminarium duchownego dnia 23 września 1873 roku na okres 16 lat (1873 – 1889).

Za arcybiskupa Floriana Stablewskiego (+1906) Seminarium Duchowne pracuje w lepszych warunkach. Buduje on nowy gmach seminaryjny przy ulicy Wieżowej, gdzie i obecnie znajduje się uczelnia duchowna. Teraz Seminarium szybko się rozwija. Liczba alumnów stale rośnie. W 1911 roku wynosi 77 alumnów, po pewnym czasie 120. W 1933 roku wzrośnie do 200, a po ostatniej wojnie przekroczy nawet tę cyfrę.

W czasie I wojny światowej budynek seminaryjny zajmują władze pruskie i przeznaczają go na szpital wojskowy. alumni studiują na Wydziale Teologii Uniwersytetu w Monasterze i na Fakultecie Teologicznym we Fuldzie. Rok 1919 przynosi wyczekiwaną zmianę i pozwala na przeniesienie studiów z powrotem do Seminarium Poznańskiego. Studia trwają pięć lat W 1933 roku. Kardynał August Hlond przedłuża je dla maturzystów o szósty rok. Prymas A. Hlond wprowadza równocześnie nowe przedmioty, dodając je do wykładanych już zasadniczych dyscyplin teologicznych.

Dzięki znakomitemu gronu profesorów, Seminarium posiada bardzo wysoki poziom. Potwierdza to wizyta apostolska z 1937 roku. Zaistniała wręcz realna szansa przekształcenia Seminarium Poznańskie w Akademię Papieską z prawem nadawania absolwentom tytułów licencjackich i doktoranckich. Wtedy jednak plany te zniweczył wybuch II Wojny Światowej. Seminarium zostaje zamknięte przez okupacyjne władze niemieckie, a gmach w wyniku działań wojennych zostaje zburzony. Wzniesiony z ruin w ciągu dwóch lat (1945 – 1947) z ofiar archidiecezjan, dzięki niestrudzonej trosce arcybiskupa Walentego Dymka, dnia 17 listopada 1947 roku rozpoczyna na nowo swoje funkcjonowanie. W latach od 1945 do 1947 studia filozoficzne i teologiczne dla archidiecezji gnieźnieńskie i poznańskiej odbywają się w Gnieźnie. Od roku 1947 do 1953 w Gnieźnie pozostawione zostają tylko studia filozoficzne dla oby archidiecezji, a po roku 1953 Arcybiskupie Seminarium Duchowne w Poznaniu ma już swoje odrębne studium filozofii i teologii.

Wraz z otwarciem po wojnie Seminarium narodziły się na nowo nadzieje na utworzeniem wydziału teologicznego. Zamierzenia swoich poprzedników realizuje arcybiskup Antoni Baraniak, za szczególnym poparciem kardynała Stefana Wyszyńskiego – Prymasa Polski oraz kardynała Karola Wojtyły, ówczesnego Metropolity Krakowskiego. Dekretem Kongregacji Nauczania Katolickiego w 1969 roku zostało ustanowione Akademickie Studium Teologiczne w Poznaniu, na okres 5 lat. Po upływie tego czasu Kongregacja z mandatu papieża Pawła VI wydała w 1974 roku dekret ustanawiający Papieski Wydział Teologiczny w Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Poznaniu. Przez 25 lat swojego istnienia uczelnia ta wydała tysiące absolwentów. Od 1 stycznia 1999 roku alumni Poznańskiego Seminarium swoje wykształcenia zdobywają na Uniwersytecie im. A. Mickiewicza w Poznaniu na Wydziale Teologicznym. Powstanie tego wydziału było możliwe dzięki bogatej i cennej tradycji istniejącego dotąd Papieskiego Wydziału Teologicznego.

Od września 2003 roku alumni mieszkają już w nowym budynku Arcybiskupiego Seminarium Duchownego, który mieści się w dawnym ogrodzie seminaryjnym.